«Пруссия», покинувшая рейд Петрограда 16 ноября, была одним из транспортов, увозивших в неизвестность несогласных с большевистской властью. Власть «расщедрилась»: пассажирам оплатили проезд и питание, позволили распродать имущество, взять с собой денежные средства. Германское посольство помогло изгнанникам с получением виз и перевозкой ценных вещей и документов.

Ефиму Зубашеву на сборы отвели шесть дней: 10 ноября 1922 года решением Петроградского губернского отдела ГПУ НКВД СССР он был приговорен к высылке из России без права возвращения. Этому предшествовал арест в ночь с 16 на 17 августа 1922 года с формулировкой: «Не примирился с Советской властью и все время вел контрреволюционную работу, особенно усилившуюся в трудные для Советской власти моменты».

Покидал Ефим Лукьянович СССР в одиночестве. Супруга Ольга Александровна умерла 17 июня, за пару месяцев до ареста мужа. О ее кончине, отдавая дань ее памяти, сообщила томская газета «Красное Знамя», орган Губисполкома и Губкома компартии. Дочери Ольга и Лидия со своими семьями оставались в стране¹.

«В огромном большинстве случаев изгнанниками бывают или преступники, или герои. По отношению ко мне ни то, ни другое не приложимо: преступления я не совершил, но и геройства ни в чем не проявил. Моя высылка есть плод недоразумения, а может быть, что и более вероятно, необходимая дань демагогии современной власти. В первую революцию (1906 г.) я был выслан из Томска за пределы Томской губ. Степного Генерал-губернаторства в Европейскую Россию как революционер. Теперь меня изгоняют далее на Запад, из пределов России, как контрреволюционера. И в том, и в другом случае я украшен чужими перьями», — так написал во время вынужденного путешествия на борту «Пруссии» Е. Л. Зубашев в тетради Анны Евреиновой, также ставшей изгнанницей вместе со своим мужем Н. Евреиновым².

Пароход прибыл в Штеттин 18 ноября, оттуда группу поездом отправляли в Берлин, а поначалу большинство вынужденных эмигрантов разместилось в гостинице штеттинского вокзала.

Ранее приехавшие вовсю развернули деятельность по устройству рабочих мест. Усилиями ученых 17 февраля в Берлине открылся Русский научный институт. Ректором РНИ назначили В. И. Ясинского, председателя русского академического Союза в Германии, Ефим Зубашев наряду с другими учеными вошел в состав Ученого Совета института. Но прожил проф. Зубашев в Берлине недолго и 7 февраля 1923 года переехал в Прагу, как и многие его коллеги: в Чехословакии, благодаря поддержанной правительством Русской акции помощи, можно было получить и жилье, и материальную поддержку.

Поселился Ефим Лукьянович в Свободарне, огромном общежитии, наскоро приспособленном для эмигрантов — как ученых, так и студентов. Профессору была назначена ежемесячная выплата в размере 2000 крон. Освоившись, как и многие эмигранты, Зубашев переехал в Збраслав, живописный пригород Праги, и жил там до постройки на тогдашней окраине столицы «профессорского дома».

В Чехословакии Зубашев активно занимался общественно-научной деятельностью на посту председателя Правления Русской академической группы (с 1926 г.), возглавлял Отделение по технологическому образованию Общества русских инженеров в Чехословацкой Республике. В 1925 году Ефим Лукьянович вернулся к прерванной на некоторое время преподавательской деятельности: стал профессором Русского народного университета, а с 1927 года — профессором Русского юридического факультета, на котором читал курсы лекций по товароведению и химической технологии, фабрично-заводской и кустарно-обрабатывающей промышленности. Параллельно работал в Пражском политехническом институте — преподавал химию, технологию писчебумажного, целлюлозного и древесно-лесного производства. В Русском высшем училище техников путей сообщения Ефим Лукьянович заведовал кафедрой Технологии органических веществ.

В Праге в 1926 году Зубашев женился на Ольге Ивановне. Его жена входила в число участников «Братства для погребения русских граждан и для охраны и содержания могил» («Успенского братства»). В этом же году они вдвоем выезжали за пределы Чехословакии в Италию, Австрию и Германию «для посещения родственников» — так было написано в прошении о выдаче заграничного паспорта.

С энтузиазмом занимался Зубашев «Обществом сибиряков в Чехословакии». В оргкомитет Общества, кроме него и его жены Ольги, вошли И. А. Якушев, А. А. Аргунов, Г. А. Архангельский, С. И. Гессен. Был разработан Устав, утвержденный Министерством иностранных дел Чехословакии. В эту общественную организацию принимались эмигранты, проживавшие ранее в Сибири или каким-то другим способом связанные с этим регионом. Общество сибиряков в Чехословакии на первых порах ставило своей основной задачей культурно-просветительскую деятельность. На общих собраниях, «Сибирской чашке чая», читались лекции об истории края, возможностях его экономики и будущем развитии. В этих мероприятиях участвовали и чешские легионеры, которые не понаслышке знали о Сибири и вспоминали свою непростую историю возвращения на родину. В Праге Зубашев писал статьи о проблемах сибирского региона, которые публиковались в сборнике «Вольная Сибирь», учрежденном совместно с Сибирским отделом при институте изучения России в Праге. Его редактором стал И. А. Якушев³. Например, в 1926 году в «Вольной Сибири» Зубашев опубликовал статью «Фабрично-заводская и кустарная промышленность Сибири». На первом съезде русских деятелей сельского хозяйства, проходившем в Праге в 1925 году, ученый выступил с докладом «Опыты культуры сахарной свекловицы в Западной Сибири в 1916—1919 гг.»

При этом в общей сложности Зубашев прожил в Сибири не более девяти лет. В 1899 году Ефим Лукьянович, окончивший Харьковский политехнический институт и прослушавший курс наук в Петербургском технологическом институте, возглавил Томский Технологический институт, когда еще только возводились учебные корпуса. Он стоял у истоков формирования профессорско-преподавательского состава. Доброй помощницей ему была супруга Ольга Александровна, выпускница Бестужевских курсов. Она не только занималась делами отделения Русского музыкального общества в Томске, но и вместе с мужем, который был одним из учредителей и руководителей Сибирских высших женских курсов в Томске, привлекала женщин к получению высшего образования. При содействии Зубашева в городе возникло Общество сибирских инженеров и Сибирское товарищество печатного дела. Он состоял редактором газеты «Сибирская жизнь». Впоследствии высшие курсы влились как физико-математический факультет в состав Томского технологического института. Из-за своих политических взглядов Ефим Лукьянович был отстранен от ректорства, некоторое время занимался преподавательской деятельностью в Харькове, а в 1912 году семья переехала в Петербург. Поселились Зубашевы неподалеку от Мариинского Дворца, на Английском пр. 34.

Ефим Зубашев был избран членом Государственного Совета от Сибирского (Барнаул) биржевого комитета. По его инициативе при Совете съездов представителей биржевой торговли и сельского хозяйства образовалось Сибирское бюро, которое занималось разработкой вопросов торговли и промышленности региона. Он понимал, что со строительством Транссибирской магистрали (1901) появилась возможность развивать экономические связи Томской губернии с центральными регионами. Им был разработан «План железнодорожного строительства в Сибири на ближайшие 10 лет». Вклад Зубашева в становление Томского технологического института был по достоинству оценен коллегами: в апреле 1917 года на Ученом Совете его избрали почетным членом ТТИ. До декабря 1917 года Зубашев являлся комиссаром Временного правительства по Томской губернии. Неудивительно, что, находясь в изгнании, он проявлял живой интерес к вопросам развития Сибири, с которой его многое связывало. Выдающиеся способности ученого Ефима Зубашева, родившегося в купеческой семье в Славянске Харьковской губернии и большую часть жизни прожившего в европейской части России, были направлены именно на изучение и анализ перспектив сибирского края.

Жизнь Е. Л. Зубашева в эмиграции была непродолжительной, но все отпущенное ему судьбой время он с большим желанием передавал свой опыт студентам, оказавшимся, как и он, изгнанниками. Он жил с надеждой на то, что полученные ими знания пригодятся на родине. Но Зубашев, как и его спутники по «Пруссии», не мог предвидеть, что СНК «щедро» оплатил им билет только в один конец.