Первоначально проезд чехословаков на восток из Украины не встречал особых затруднений, на этом этапе было взаимопонимание с советской властью: и в боевых действиях против германцев, и во всем, что касалось помощи в переброске войск. Чехословацкий национальный совет провел переговоры с большевистским правительством и установил маршрут продвижения через Тамбов, Пензу и далее по Транссибирской магистрали. Станцией погрузки стал Бахмач, расположенный в 150 км восточнее Киева. Было сформировано 172 эшелона, но в Тамбове пришлось провести реорганизацию, потому что пропускная способность станций снизилась до двух эшелонов в день. 28 марта 1918 года первый транспорт, принадлежавший Второй дивизии, отправился из Пензы на Дальний Восток.

Чешские эшелоны растянулись по Транссибу. Когда первые составы достигли Владивостока, Совет народных комиссаров под давлением немцев решил остановить их продвижение. Ситуация кардинально изменилась, и чехословаки оказались в очень тяжелых условиях: теперь им предстояло самостоятельно решать вопрос о дальнейшей эвакуации. Помимо прямого приказа о препятствовании их продвижению обстановку осложняла общая ситуация на железных дорогах России. В отрасли царил упадок производства локомотивов, возникали «кладбища паровозов» и вагонов, сказывался недостаток топлива и приходилось самостоятельно переводить паровозы с дровяного отопления на уголь и нефть. Всеобщая неразбериха привела к частой смене руководства в Ведомстве путей сообщения: до полного исхода чехословаков из России сменилось семь наркомов.

Первым наркомом путей сообщения при советской власти стал скромный бухгалтер М. Т. Елизаров, зять Ленина. Рядовые железнодорожники повсеместно приветствовали лозунг «Власть — народу», но понимали его буквально: создавали свои органы управления — Дорожные Комитеты, в основном левоэсеровские, изгоняли начальников дорог, арестовывали технический персонал, нередки были и физические расправы, что почти полностью дестабилизировало эксплуатацию железных дорог и нарушало согласованность в их деятельности.

Так, например, в июне 1918 года для обслуживания движения чешских эшелонов на участке Томилово — Самара привлекали чешских добровольцев, тех, кто мало-мальски знал железнодорожное дело. На станциях стояли брошенные с товаром вагоны, хозяева которых не объявлялись, были случаи простаивания с 1915 года. Пропускная способность станций из-за этого снижалась, поэтому такие вагоны осматривали и реквизировали.

Выступление чехословаков из Европейской части России на восток способствовало расширению Белого движения на Волге, на Урале и восточнее, что вело к падению советской власти в местах их дислокации. Возникала необходимость взаимодействия с вновь учрежденными властными структурами: сначала с Временным сибирским правительством, затем с руководством Уфимской директории и впоследствии с Российским правительством А. В. Колчака. Все это вынуждало руководство чехословацких войск брать инициативу по организации перевозок в свои руки. А это была задача не из легких. Тем, кого привлекали к службе, приходилось приспосабливаться к русским реалиям: ширина колеи была существенно больше европейской, отличались путевые знаки, устройства сигнализации и связи, иной была структура управления перевозками.

В июле 1918 года при штабе было учреждено Техническое отделение под руководством технического референта инженера Знаменачека. При отделении, помимо прочих, был организован Транспортный отдел. Знаменачек и его сотрудники сумели наладить связи с Уральским областным военно-промышленным комитетом, что позволило улучшить передвижение войска на прифронтовых Самаро-Златоустовской, Волго-Бугульминской и Ташкентской дорогах. Территориально отдел находился в Екатеринбурге, его отдаленность затрудняла управление движением в Поволжье и на Урале, поэтому было принято решение создать его филиал в Самаре во главе с инженером Карелом Риегром.

Самаро-Златоустовская дорога была поделена на участки, на важнейшие станции направлялись чешские начальники, под контроль были взяты железнодорожные мастерские в Самаре и Уфе. Начальникам станций приходилось жить в товарных вагонах, как и добровольцам технической роты и телеграфистам. Главной задачей, которая перед ними ставилась, было наведение порядка и дисциплины. Бригады ремонтников, состоявшие из местных, и вовсе бросали работу, вовремя не смазывались буксы, нередкими стали случаи разбоя и разворовывания складов, рабочие могли себе позволить опоздания и ранний уход со службы, обычным делом было пьянство. Да и воинское начальство постоянно вмешивалось в деятельность Транспортного отдела, часто привлекало железнодорожный персонал даже к рытью окопов. Воинские вагоны вовремя не доставлялись на станции, товарные вагоны не разгружались, паровозы не возвращались к назначенному времени в основные депо.

Многие станции были забиты составами с беженцами и бесхозными вагонами, на которые не было документов. На одной из узловых станций таких насчитывалось до 2500 единиц. Требовалось восстановление разрушенных пристанционных зданий и сооружений. Так, например, на станции Иващенково взорвались вагоны с порохом, сгорело 33 вагона, сильно пострадало здание станции, его спешно пришлось восстанавливать. Тяжелейшая ситуация сложилась на частной Волго-Бугульминской железной дороге: отсутствовало топливо для паровозов и не было средств на ее содержание.

Большевики тем временем наступали, требовалась срочная эвакуация войск и беженцев на восток. Спешка приводила к авариям и крушениям. Столкновение поездов произошло у станции Демы: состав с военнопленными «догнал» состав с беженцами. Было разбито 30 вагонов, 57 человек погибло и около 180 было тяжело ранено. Прибывшая команда ремонтников не обнаружила на месте машинистов — оба сбежали. Загроможденные разбитыми вагонами пути пришлось разбирать пять часов, погибшие были похоронены в общей могиле, а раненые отправлены в Уфу.

Несмотря на все эти трудности для эвакуации войск, министерств с сотрудниками и гражданских лиц из Самары, Батраков и Иващенкова за три дня было сформировано 200 эшелонов, которые отправлялись ленточным способом, т. е. один за другим. Постепенно эвакуировалась вся Самаро-Златоустовская железная дорога. Филиал Транспортной роты ушел из Самары за день взятия ее Красной армией, а начальники станций Бузулук и Оренбург, до последних минут остававшиеся на своих местах, не смогли вовремя эвакуироваться, им пришлось пешком уходить за Урал. Воссоединиться со своими подразделениями они смогли только в январе 1919 года в Челябинске.

Станции Уфа и Челябинск были так переполнены, что два дня не могли принимать эшелоны с запада. Самарский филиал в середине октября 1918 года обосновался в Уфе, его начальнику инженеру Риегру присвоили воинское звание, его полномочия были расширены. Для эвакуации Уфы потребовалось 2000 крытых вагонов и 300 платформ. Эвакуация началась в условиях сильных морозов, люди замерзали в нетопленых теплушках, не хватало светильников и спичек, эшелоны опять выстроились в ленту до Челябинска. Очень часто вода в паровозных трубах замерзала, они лопались, и машины на длительное время выходили из строя. Главным грузом, который удалось вывезти из Уфы сформированными маршрутными составами, стала нефть.

В январе 1919 года чехословаки полностью оставили фронт, передали его русским войскам. Эвакуация чехословацких войск из Европейской части страны за Урал стала новым опытом, доказавшим правильность решения о создании при штабе специального подразделения, занимающегося организацией движения на железнодорожном транспорте.

Эвакуация проводилась технически грамотно благодаря мерам, принятым Междусоюзнической комиссией. Сибирское правительство А. В. Колчака заключило соглашение о межсоюзном контроле над КВЖД и Транссибом (в сфере действий союзных войск). Контроль за техническим состоянием дороги возлагался на американских инженеров. Зоной ответственности чехословаков стала охрана Транссибирской магистрали от Омска до Владивостока, прифронтовых линий от Екатеринбурга и Челябинска на запад.

Необходимо отметить, что Транссибирская магистраль, по которой эвакуировалось чехословацкое войско, не была единым транспортным организмом. Она состояла из нескольких дорог: Восточно-Сибирской, Средне-Сибирской, Западно-Сибирской, Кругобайкальской, Забайкальской, Амурской, Уссурийской и Китайско-Восточной. В распоряжении чехословацкого войска на тот момент было 2488 паровозов, из них 1082 «больных», 73 тыс. вагонов, из них 13 тыс. «больных», 14 тыс. вагонов были заняты проживавшими в них войсками и беженцами. Термин «больные» означал подвижной состав, требовавший ремонта.

Возглавил Междусоюзническую комиссию железнодорожный инженер Леонид Устругов, занимавший пост министра путей сообщения в правительстве Колчака, а со стороны союзников — инженер Джон Стивенс, крупнейший американский специалист, строитель Панамского канала. Он прибыл в Россию для выполнения обязательств, данных еще царскому правительству по поставке американских паровозов, которые должны были собираться во Владивостокских железнодорожных мастерских. Вместе с ним приехало 300 рабочих с завода Балдвина. Амбициозный американец, несмотря на приоритет полномочий Л. Устругова в руководстве Междусоюзнической комиссией, всячески пытался взять под контроль деятельность этого органа. Отчасти этому способствовала неразбериха и разобщенность. Кроме того, на русских железных дорогах действовала американская система управления, вполне ему знакомая. Существенные противоречия по организации перевозок были не только между правительством Колчака и руководством чехословацких войск, но также и среди союзников. Правительство Великобритании, контролировавшее через Русско-Азиатский банк Китайско-Восточную железную дорогу, которой руководил генерал Д. Хорват, активно заявляло свои права на управление перевозками. Не отставали и японцы: они явочным порядком ввели на КВЖД около 6000 военнослужащих и рассредоточили их вдоль дороги. А ведь движение чехословацких эшелонов по Китайско-Восточной дороге значительно сокращало сроки их доставки к Владивостоку — это был самый короткий путь от Омска на Дальний Восток. Междусоюзнической комиссией был одобрен «Рамочный план перевозки чехословацкого войска на восток» от 29 января 1919 года, разработанный Отделением в России Военного министерства Чехословацкой Республики.

Признав успешным деятельность Транспортной роты при эвакуации с Поволжья, было решено создать более крупное Транспортное отделение с несколькими отделами: паровозным, строительным, телеграфным и отделом движения. Во главе отделения вновь был поставлен инженер Знаменачек, его должность называлась русскими Главный инспектор железных дорог и угольных шахт Западной Сибири.

На все крупнейшие станции были направлены инспекторы, которые одновременно являлись административными начальниками на подведомственном им участке: «Представители, так называемые транспортные инспекторы, будут иметь полную ответственность, чтобы их станция функционировала как планировочная станция, регулирующая при помощи телеграфа экономическую сторону транспортировки поездов, и не позволять свободное гуляние поездов с ожиданием часов или дней перед следующей станцией, которая не принимает, во избежание падения количества работающих локомотивов, при котором вся транспортировка может остановиться. Отсутствие транспортировки, нежелание или саботаж администрации корректно, но жестко надо устранять, пока дело еще находится в наших руках, о серьезных вещах сообщать представителю министерства и техническому референту в штабе». Инспектору подчинялись три заместителя, два писаря и посыльный.

Все железнодорожные станции и узлы были оповещены циркуляром МПС правительства Колчака о допущении чехословаков к железнодорожной службе, им полагалась заработная плата наравне с русскими железнодорожниками. Эта схема начала работать с 1 февраля 1919 года. Дважды в месяц (10 и 25 числа) начальники станций обязаны были присылать отчеты по установленной форме, в которых обязательно отмечалось главное препятствие, мешающее продвижению войск на восток.

Транспортное отделение существовало в таком виде только до апреля, в дальнейшем было преобразовано: ему были приданы эксплуатационная рота, рота движенцев, рота снабжения, и теперь оно действовало под войсковым контролем и подчинялось армейскому инженеру Гавелу. По сути дела, это уже было военно-железнодорожное подразделение, которое насчитывало 94 офицера, 238 человек среднего и младшего командного состава и 182 рядовых. Служить в него направлялись специалисты, имевшие профильное образование либо технически грамотные, способные быстро обучиться железнодорожному делу. Офицерам был положен оклад в 250 руб., остальным — 100. Служба железнодорожников была нелегкой: часто на станции нападали партизаны разного толка, не хватало продовольствия, обед готовили сами, повсюду свирепствовал тиф, и нередко заболевших некем было заменить: например, на ст. Шумиха умерли все служащие. Не всегда русские железнодорожники были рады вновь прибывшим — существовало и недоверие, и откровенное сопротивление сотрудничеству.

Чешские железнодорожники получили форменное обмундирование с нарукавными нашивками в виде колеса и крылышек, символа российских железных дорог. Для железнодорожной связи использовались сокращенные телеграфные обозначения служб, как было принято в России: например, Н — начальник дороги, Л — пассажирская служба, Т — служба тяги, или паровозная. Делопроизводство было устроено по образцу русских железных дорог, печатей было две: чешская и русская. На станциях стали создаваться необходимые запасы топлива, проводился ремонт вагонов и локомотивов. По согласованному плану договорились ежедневно через Омск пропускать два эшелона — один из Екатеринбурга, другой из Челябинска. Таким образом в феврале 1919 года ушло на восток 39 эвакуационных эшелонов, в апреле — 91, в мае — 58.

Основная работа по эвакуации войск была начата летом 1919 года. Наступило временное затишье в нападениях сибирских банд на железную дорогу, сотрудники транспортной роты занимались подготовкой к зиме. Они контролировали производство угольных шахт, собирая запасы топлива для локомотивов. Согласно планам эвакуации, необходимо было подготовить на 5030 вагонов больше, чем имелось в их распоряжении. Техническая рота провела ремонт поврежденных вагонов. Другим решением проблемы было сокращение легионерского эшелона до минимально возможного. Предельный состав эшелона был ограничен 45 вагонами. Избыточные запасы (лошади, пушки) распродавались. Начальники станций обязаны были точно сообщать об использовании подвижного состава.

Резкое размежевание между русскими и чехословаками произошло в начале ноября. В адрес генерал-майора П. А. Бобрика 6 ноября 1919 года ушла телеграмма генерал-квартирмейстера штаба Сибирской армии генерал-майора И. И. Козлова «О порядке взаимодействия русских и чехословацких комендантов на железной дороге», в которой говорилось: «Взаимоотношения между русскими и чехословацкими комендантами на железных дорогах фронтовой полосы определяются штабом Западного фронта при соблюдении следующих условий: 1) распорядительная власть (подача нарядов на подачу вагонов, отправление поездов и т. п.) должна находиться в руках одного лица <…>. Чехословацкие же и другие коменданты на железных дорогах ведают лишь перевозкой своих войск и грузов, входя с соответствующим требованием к русскому коменданту, и являются представителями интересов лишь своих войск».

В ответ на эти действия военное руководство чехословаков 18 ноября 1919 года издало приказ прекратить движение русских к востоку от Ново-Николаевска (ныне Новосибирск) до завершения эвакуации. Активно приказ стал применяться с 15 декабря. Таким образом, вся железная дорога при активной поддержке союзников попала под полный контроль чехословацких легионеров.

Эвакуации войск препятствовали частые снежные бури и заносы. Не меньшей опасностью являлись повстанцы, которые почти ежедневно разрушали пути, обстреливали и грабили составы, особенно вагоны с беженцами. Тем не менее чешские специалисты смогли организовать отправку на восток в общей сложности 259 эшелонов, в которых насчитывалось 531 пассажирский вагон и 10 287 грузовых.

Оставив Иркутск в первых числах марта 1920 года, Транспортная рота в своем распоряжении имела уже собственные кондукторские и паровозные бригады, что было особенно важно при интервенции японцев в зоне полосы отвода КВЖД, так как русские железнодорожники отказывались служить под их началом. На участке Пограничная — Владивосток русского персонала вообще не было, практически утратилось телеграфное сообщение. 30 мая 1920 года завершилась эвакуация чехословацкого войска, все эшелоны на этом участке были переправлены к Владивостоку. Транспортная рота 20 июня 1920 года отправилась из Владивостока в Чехословакию тридцать вторым транспортом «Томас» и прибыла в Триест 7 августа.

Рота достойно выполнила задачу, получив заслуженную похвалу, объявленную генералом Яном Сыровы. Это был беспрецедентный опыт организации массовых перевозок в условиях гражданской войны на чужой территории, порой в недружественной обстановке и на столь значительное расстояние.