Франтишек Каутман родился в Чешских Будейовицах в семье учителей. «Мой отец был учитель, „масариковец“, мама тоже», — говорит Франтишек Каутман. Родившись в семье «пишущей» (его мать, Станислава Каутманова, выпустила пять книг для взрослых и пять книг для детей), он с детства привык к хорошим книгам и к культуре чтения. По окончании Высшей школы политических и социальных наук в Праге, где обучался с 1945 года по 1949 год, Франтишек Каутман начал работать как главный редактор издательства «Чехословацкий писатель». А в 1952 году он поехал в Москву, в Литературный институт им. М. Горького, продолжать образование. В СССР он получил возможность не только изучать социалистический реализм, но и пристально взглянуть на социалистическую реальность, увидеть ее без прикрас. Вернувшись в Чехословакию, он работал в журнале «Культура» и в Чехословацкой академии наук.

Блестящий литературовед, достоевед и талантливый исследователь, после вторжения советских войск в Чехословакию в 1968 году за свои оппозиционные взгляды Франтишек Каутман на долгое время оказался выключенным из публичного пространства: его статей не печатали и про него ничего не печатали. Его уволили с работы, он не мог больше ни открыто писать, ни подписываться собственным именем, не мог работать в полную силу и не мог ездить на важные для каждого исследователя научные семинары и конференции, в подготовке многих из которых, к слову, он принимал участие. Франтишек Каутман стал запрещенным. Вот как он сам рассказывает об этом: «Пражская весна 1968 года — я был тогда активным ее участником, и поэтому после вторжения войск Варшавского договора мне было запрещено работать в моей профессии, печататься (и даже переводить) и выезжать за границу. Этот запрет длился двадцать лет и был снят лишь в декабре 1989 года». Именно тогда он тесно сблизился с диссидентами и правозащитниками: «Я стал диссидентом, одним из первых подписал Хартию 77, поддерживал связь с нашей эмиграцией и активно работал в самиздате. Конечно, находился под надзором наших органов безопасности, которые строго следили за моей перепиской и разговорами по телефону», — говорит Франтишек Каутман.

Однако, несмотря на запрет, Франтишек Каутман писать продолжил. Свои прозаические произведения (например, «Пролог к роману») в 70-е он публиковал в самиздате (в виде книг эти произведения были напечатаны только после 1989 года). Он также не бросал своих литературных изысканий: его научный интерес составляли Франц Кафка, запрещенный Эгон Гостовский, С. Нейман, Т. Г. Масарик, Федор Достоевский. Вот что пишет С. В. Белов: «Я привез Ф. Каутману библиографию опубликованных работ А. Л. Бема о Ф. М. Достоевском, которую он потом сумел напечатать в 1972 году в Праге в сборнике статей А. Л. Бема о Ф. М. Достоевском, который, как говорил мне сам Ф. Каутман, вышел с огромным трудом». Вступительную статью к сборнику Франтишек Каутман подписал не своим именем, а псевдонимом — Франтишек Беран.

Позже именно Франтишек Каутман предложил и идею создания «Клуба освобожденного самиздата». Это было издательство, которое в течение нескольких лет своей работы — с 1991 по 1997 год — выпускало книги, бывшие под запретом в Чехословакии во времена социализма. Об этом пишет Ян Каменичек: «В 1987 году было понятно, что политическая ситуация не может длиться вечно. После чернобыльского взрыва мы стали уже ощущать, что это конец эпохи. Доктор Каутман и его давний друг Ян Владислав начали у себя собирать груду рукописей, которые можно было бы в любой момент издать. Разумеется, уже не в самиздате, а легально, в типографии. Осенью 1989 года все было готово. Стремительный 1990-й все приостановил, поэтому намеченный совет Клуба освобожденного самиздата состоялся весной 1991 года».

Сегодня Франтишек Каутман продолжает работать. Он самый известный чешский исследователь Достоевского и один из тех, кто возродил Общество Достоевского в Праге.